Инновационная структура университета
Научно-образовательный центр инновационного развития водного транспорта
Научно-образовательный центр информационной безопасности, навигации и связи на речном транспорте
Научно-образовательный центр безопасности судоходных гидротехнических сооружений
Научно-образовательный центр мореходных качеств судов.
Научно-образовательный центр инновационных методов и технологий в прикладной математике и информационных системах
Хозяйственные общества:
ООО «Инфоком» занимается разработкой и внедрением инфокоммуникационных технологий с использованием ГЛОНАСС на речном транспорте;